生信第一步-购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境
因为原先台式机够用(其实是因为懒),虽然看了jimmy的公益、优质教学
但是没实实在在的操练过。
现在因为疫情,就不去实验室了,小命要紧,居家办公,笔记本就不够看了。一遍操练下来,发现光看不练完全没用。。。学了不操练,等于没学。买服务器这一步我就不写了,直接进入正题。
一.腾讯云服务器-构建生信分析环境
01.硬盘设置
挂载数据盘,我先买了200G的云数据盘,暂时够用,手动挂载后,需要进入服务器,再次进行挂载
df -h 服务器原始的状态
sudo fdisk -l
sudo mkfs.ext4 /dev/vdb1ls /home/sudo mv /home/* /tmp/sudo mount /dev/vdb1 /home/sudo mv /tmp/ubuntu/ /home/设置自动挂载数据盘,这样关机或者重启后,就不需要再次挂载sudo ls -l /dev/disk/by-id查看数据盘的idsudo cp -r /etc/fstab /home/ls /home/sudo vi /etc/fstab在最后以后写入如下/dev/disk/by-id/virtio-disk-92c3klw1-part1 /home ext4 defaults 0 0退出sudo mount -a如果以上顺利运行,就说明挂载成功了df -h
02.安装R语言
二.To install the latest version of R
debhttps://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntubionic-cran35/
三.保存后退出
这里碰到一个问题,系统弹出提示,/usr/local/lib/R/site-library 不能写入,同时,另外两个lib,/usr/lib/R/site-library, /usr/lib/R/library 也都不能写入
就按照提示,将包安装入系统提供的personal library
01.安装Rstudio以及shiny
这里碰到一个问题,安装完rstudio-server及shiny后,无法登录8787端口及3838端口,完全不能快乐啊!
这里要特别感谢生信技能树群里的小伙伴,jimmy、skk、李东野、黯蓝、卖萌哥、小洁,在他们的热心帮助下,解决了这个问题!万分感谢!问题出在腾讯云的安全组设置!
开放了端口后,香吗?乱香!
02.安装miniconda
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.htmlmacosx-installers
下载
sudo mkdir /home/biosoftcd /home/biosoftsudo wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装source ~/.bashrc 激活
配置环境变量,创建小环境
conda config --add channels r 一行一行运行,运行后无提示,即运行成功conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels biocondacat ~/.condarc 如果安装成功
conda create -n rna python=3 创建一个名为rna的小环境成功后,截图如下
进入环境,安装软件
conda activate rna 激活conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools
03.修改一下显示界面
sudo vi ~/.bashrc在最后插入配置行PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"保存后退出source ~/.bashrc
♚
OK,到这里,生信配置就完成了!前前后后、反反复复,配置一个云服务器,花了3天的时间,设置自动挂载、寻找源,一个个的解决问题,这还是在有优质的教学视频的前提下,假如没有,学习成本还要高得多。
这里,真的要大力推荐生信技能树团队的教程, 感谢jimmy等一批无私分享者!对于我们这样的小白,实在是务必珍贵的资源,希望更多人能够看到,并从中学习到想要的技能、知识!
参考:
生信技能树公众号 -所有的教程都值得仔仔细细的学习
R官网教程
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.htmlsecure-apt
Rstudio官网教程
https://rstudio.com/products/shiny/download-server/ubuntu/
https://docs.rstudio.com/ide/server-pro/index.htmlintroduction
https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html
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